Der Manga Elfen Lied besteht aus zwölf Bänden, die anfangs nur in Japan und Süd-Korea erschienen sind. Er wurde als Teil des Magazins Weekly Shonen Jump in Form von 107 Kapiteln, die sich über 12 Ausgaben erstreckten, herausgegeben. Seit dem 24. Juli 2007 wird der Manga auch in einer mexikanischen Ausgabe publiziert. Von dieser erschienen bisher (Stand 14. September 2007) 3 Bände. Der Manga unterscheidet sich vom Anime unter anderem dadurch, dass die Gewalt und die Darstellung jugendlicher Nacktheit noch detaillierter geschildert wird und der Anime nur die ersten 6 der insgesamt 12 Ausgaben thematisiert.